ok en el codigo que expones no recibes la variable $co por lo tanto esto
nunca te daria un resultado, eso si es el codigo completo de tu aplicacion seria un detalle, importante ya que al no tener este valor no tendrias valor de $f["existencia"], pero si en tus pruebas tienes este entonces has un echo de dentro del while como te indico el amigo en este mensaje
Cita:
Iniciado por Sourcegeek 
Por qué no compruebas ambas variables? Así estas seguro de que el problema son las variables y no el condicional.
Código PHP:
<?php
while($f=mysql_fetch_array($r)) {
//Aqui el condicional $ex es la existencia. Si $cantidad supera a $ex entonses no lo deja comprar
echo $cantidad.'<br />';
echo $ex.'<br />';
if($cantidad > $ex) {
///Blah blah blah
y ve en cuales no te da resultado el $ex que imagino que seria lo mismo que quisiste decir con esto $f["existencia"], saludos