buenas,
lo primero que ocultar codigo es imposible. lo segundo, la razon por la que vez el codigo sin el iframe es porque estas observando el codigo fuente y no estas inspeccionando el DOM. son parecido pero distintos. en este caso, el codigo javascript agrega dicho iframe. de todos modos, el codigo del script tambien se puede obtener. ahora bien, si ese usuario obtiene el contenido de tu sitio de forma automatica, con esa tecnica no podras frenarlo pero si confundirlo hasta que vuelva a inspeccionar el sitio web. lo mejor, lo que te dijo @aijoona, aplicale licencia.