Creo que estas confundiendo los tantos. jQuery es una herramienta con un objetivo muy puntual, que es generar un API amigable para trabajar en el contexto del browser. CoffeeScript por otro lado es un nuevo lenguaje, que hace todo los que hace JavaScript con una sintaxis más resumida.
La existencia de los malos programadores no se da por la naturaleza de las herramientas, sino por un conjunto de factores que las excede.
Y con respecto a tu ultimo comentario, disiento totalmente, en la diversidad esta el progreso. De muchas herramientas se puede rescatar 'algo' que vale la pena, sin que ello signifique que lo valgan en su totalidad.
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