Cita: basta con serializarlos en un objeto binario o es facil desencriptarlo?
Estás preguntando si es fácil ver su contenido, y a la vez dices
Cita: siendo una aplicacion que un usuario de nivel usuario se va a instalar en su maquina
Tú sabrás si el usuario de nivel usuario de tu aplicación sabe más que tú, y el interés/perjuicio que puede provocar acceder a esa información.
¿Que quieres aumentar el grado de seguridad? Encripta los parámetros antes de guardarlos en el archivo.