La única diferencia entre tu script manual en HTML, y el dinámico en PHP es que estás escribiendo el tag <script> como parte del enlace.
¿Por que?
Entiende que si ya eres capaz de conseguirlo a puro HTML, entonces no deberías tener problemas al pasarlo con PHP, pues al final el resultado debe ser HTML y en eso debes prestar mucha atención.