Todo es optimizable, pero las consultas tienen un límite.
En el caso de MySQL, normalmente la instalación básica está configurada para usar poco hardware o de bajo rendimiento. Si te vas al manual de referencia encontrarás capítulos y documentos dedicados al tema de la optimización.
A nivel de diseño de la base, la elección incorrecta de los tipos de columna puede impactar negativamente en la performance, así como una incorrecta selección de índices.
El tema es largo:
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Optimizing MySQL.
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MySQL optimization.