El uso de escape tiene alguna desventaja?

[Aijoona]

Gente, si no quieren que alguien les robe el código, eligieron el lenguaje y plataforma equivocados. Usen el copyright para protegerlo de una manera útil.

Con respecto a tu duda puntual, obviamente va a generar un overhead decodificar todo e interpretar el código dinamicamente.

EDIT:

Me olvidaba, además, el uso de las funciones escape y unescape no es recomendable:

The escape and unescape functions do not work properly for non-ASCII characters and have been deprecated. In JavaScript 1.5 and later, use encodeURI, decodeURI, encodeURIComponent, and decodeURIComponent.

Fuente.