si quieres borrar el contenido del archivo sería lo mismo que sobreescribirlo, o sea es redundante querer borrar solo el contenido, de todos modos sria un archivo nuevo. a menos que quieras remplazar caracter por caracter, pero eso sería muy dificl de controlar.
http://www.php.net/manual/es/ref.filesystem.php
te dejo ese enlace checalo.