Por ahora no he visto nada mejor que la estructura de Zend
Código PHP:
Ver originaldocroot/
index.php
application/
configs/
layouts/
controllers/
IndexController.php
FooController.php
models/
views/
scripts/
index/
foo/
helpers/
filters/
modules/
blog/
controllers/
IndexController.php
models/
views/
scripts/
index/
helpers/
filters/
docs/
language/
scripts/
data/
doctrine/
mappers/
xml/
yml/
library/
tests/
S2, tambien tiene una estructura interesante,