¿Algo así?
Código PHP:
Ver original<?php
$xml = <<<XML
<foo>
<bar>bar</bar>
<baz>baz</baz>
<candy>candy</candy>
<fruits>
<pear>pear</pear>
<banana>banana</banana>
</fruits>
</foo>
XML;
$obj = new DOMDocument();
$obj->loadXML($xml);
$tagToErase = $obj->getElementsByTagName('pear')->item(0);
$tagToEraseParent = $tagToErase->parentNode;
$tagToEraseParent->removeChild($tagToErase);