pues no se si entendi bien lo que quieres pero puedes usar un distinct para que no se repitan la muestra de tus nombres o el id en tu consulta
prueba con esto
Código PHP:
include("conexion.php");//incluyes tu conexion ala bd
$query "select distinct P.id,P.Nombre,J.dia,J.horas_trabajadas from Profesores as P
inner join Jornada as J
on P.id = J.id";
$resultado = mysql_query($query) or die (mysql_error());
while($registro = mysql_fetch_array($resultado)){
$Nombre = $registro['Nombre'];
$Dia = $registro['dia'];
}
no se si sea eso lo que buscas nos puedes explicar de nuevo si no es eso