Hace poco me toco migrar algo similar, tenia mas de 1000 urls indexadas, el tema lo resolvi con 301 via htaccess, lo que si es muy importante debes mantener siempre la misma estructura de urls, títulos y idealmente el mismo etiquetado para poder mantener el equilibrio que tenias, obviamente si puedes mejorar a lo que ya estaba es mucho mejor.
Pero creo que lo importante es tener clara las urls y su estructura, te recomiendo que monitorees todo el cambio con Google Analytics para ver la variación en las visitas organicas.
Un saludo y mucha suerte en el cambio
