Ubicar caracter en txt y borrar linea

[FixIt]

Saludos..alguien sabe como puedo hacer los sig>

tengo q remplazar de este archivo todas las letras q empiezen con R..despues del segundo caracter (|), despues del RFC, si me explico..si te fijas viene al principio un RFC despues las letras A y hasta el ultimo viene la letra RA, pues son un chorro de registros en un archivo txt y me tiene q UBICARLO Y BORRAR ESA LINEA ...puse solo unos de ejemplo,yo creo q deberia ser asi:

1.-Ubicar los saltos de linea
2.-Reconocer el tercer caracter o sea este (|)
3.-Remplazar.....

tambien creo q se puede copiar contenido del txt..alguna idea..saludos y gracias

|RORA6308195E5|A|59309|2010185767|07/05/2011 10:22:07|721.70|79.39|1|I|36111003356|25/04/2011|MEXICALI|
|ACN8810283C7|RA|59324|2010185767|07/05/2011 10:31:19|380.75|41.88|1|I|38480000106,39651000215, 39650003845|01/04/2010,20/01/2011,08/10/2010|ENSENADA,MEXICALI,MEXICALI|
|HUNR750414S46|A|59340|2010185767|07/05/2011 11:02:23|2074.76|228.22|1|I|39651000860,3965100118 4,39650004094,36111001431,36111001431|11/03/2011,08/04/2011,27/10/2010,08/02/2011,08/02/2011|MEXICALI,MEXICALI,MEXICALI,MEXICALI,MEXICALI|
|RSB060517IQ9|A|59327|2010185767|07/05/2011 10:40:17|1470.20|161.72|1|I|39651001184,3965100108 7,36111003277,32718002744,36111003356|08/04/2011,31/03/2011,13/04/2011,23/05/2008,25/04/2011|MEXICALI,MEXICALI,MEXICALI,mexicali,MEXICALI|
|XAXX010101000|RA|32771|20109185767|07/05/2011 10:29:41|35.28|3.88|1|I||||