tu problema es porq usas position absolute en el wraper , tambien tenes q darle float left a los principales div q contienen informacion...menos al contenedor principal ...esta mal maquetado desde un principio por eso no se acomodan los div, empeza con una estructura basica:
<div id="wrapper">
<div id="header"></div>
<div id="content"></div>
<div id="sidebar"></div>
<div id footer></div>
</div>
esos serian los principales bloques de contencion... y dentro va la info.. los sub bloques ponelos con clases y no con id..
todos esos div dale float left , menos al wrapper...