Hola:
En los enlaces normales puedes usar el evento click para lanzar la alerta... y si la quieres condicional puedes usar un confirm...
<a href="destino.html" onclick="alert('¡nos vamos...!')">enlace normal</a>
<a href="destino.html" onclick="return confirm('¿nos vamos...?')">enlace condicionado...</a>
Saludos
