Cita:
Iniciado por miglos 
[...] Entiendo que is_dir($file) me devuelve TRUE si es un directorio existente, por lo que me deberia funcionar con la 3era opción. [...]
Bueno, si niegas el resultado de is_dir() obvio todo sale al revés.
Código PHP:
// MAL
if (!is_dir($file) && $file !='.' && $file !='..')
// BIEN
if (is_dir($file) && $file !='.' && $file !='..')