Creo que podria ser asi:
Código HTML:
for($i=0; $i<sizeof($lista); $i++)
{
while (array[$i] != "")
{
echo '<li><a rel="gb_pageset[search_sites]" href="'.$lista[$i].'">'.$lista[$i].'</a></li>';
}
}
he puesto un while para comprobar que el array del iterador sea distinto de ""
Saludos