Con el while se me creaba un bucle infinito pero he reemplazado while por if y va perfecto
Muchas gracias.
Pongo el código bien por si alguien lo quieres usar para algo.
Cita: <?php
// Cargar archivo en Array de un txt donde tengo en cada linea una url
$archivo = file('lista.txt');
// Paso todo a minusculas
$lista = array_map("strtolower", $archivo);
// Elimino las url repetidas
$lista = array_unique($lista);
// Muestro la lista de enlaces
for($i=0; $i<sizeof($lista); $i++){
if ($lista[$i] != ""){
echo '<li><a rel="gb_pageset[search_sites]" href="'.$lista[$i].'">'.$lista[$i].'</a></li>';
}
}
?>