Alt format es para guardar la fecha en un formato "alternativo" al que se muestra en otro campo que defines como altField... para que veas un ejemplo, quieres mostrar la fecha en formato dd/mm/aaaa pero quieres guardarla en formato mm/dd/aaaa .
Código:
<script>
$(function() {
$( "#item_datepicker" ).datepicker({
dateFormat:'dd/mm/yy',
altFormat:'mm/dd/yy',
altField:'#elotrocampo'
} );
});
</script>
<input type="text" id="item_datepicker"><input type="hidden" id="elotrocampo">
no se si me he explicado bien.....