Yo lo se hacer en PHP.
En java nunca lo he intentado pero supongo que debe ser muy similar.
EN PHP
1.- Lo primero es asegurarse que cada inputFile tenga un nombre distinto
2.- Haciendo uso de arreglos pueden meter cada archivo del formulario en una variable tipo arreglo
ejm
Código PHP:
Ver original$archivo[0] = $_FILES["archivo0"]['tmp_name'];
$archivo[1] = $_FILES["archivo1"]['tmp_name'];
$archivo[2] = $_FILES["archivo2"]['tmp_name'];
//Utilizando un for o foreach recorro el arreglo
{
copy($archivo[i
],ruta_destino
);
}
Espero de hayas dado una idea y lo puedas implementar en Java, yo todavia no entra mundo de Java web, apenas y he hecho un login haha.
Saludos