### previene el listado de directorios sin un archvio indice válido y habilita el seguimiento de enlaces virtuales (como los que genera mod_rewrite, p. ejemplo)
Options -Indexes +FollowSymLinks
### defnide el nombre del archivo indice
directoryindex index.php
### previene que se aplique reglas de mod_rewrite si existiesen directorios y/o archivos con dicho nombre
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-d
RewriteCond %{SCRIPT_FILENAME} !-f
Ya indiqué un ejemplo del funcionamiento
http://modrewrite.emprear.com/
El uso detallado de estas directivas esta completamente documentado en el manual de Apache
Saludos