Finalmente debo desistir en armar el .gif animado.
La transparencia era solucionable pero acabo de comprobar que aunque cambie la cabecera php al guardar la imagen cambia el formato del GIF.
Por lo que he podido observar los gif animados contienen GIF89(y algo más)
Miestras php lo cambia al guardar así GIF87 y cambia por completo lo que había en la cabecera. Al menos a mi no se me ocurre que más hacer.