El KnowledgeTree tiene una versión de software libre (
www.knowledgetree.org), que puedes instalar en tu host, que es la que he usado anteriormente. La puedes personalizar bastante, ya que es PHP y mysql.
Puedes crear todas las cuentas de usuario que necesitas. Además su API está bastante bien documentada para adaptarlo a tus necesidades.
También puedes mirar "Alfresco", aunque creo que ya es un poco más grande y más dificil de "tocar"
Un saludo!