Si el proceso es:
 
1-Lees de un archivo excel una ruta
2-Cargas los archivos de esta ruta en un array
3-Si no hay archivos, debes leer otra ruta del archivo excel 
Debes tener un bucle para leer de 1 en 1 las rutas que tiene el archivo excel, es decir, como tienes:   
Código vb:
Ver originalstrFolder = Workbooks(Libro_Origen).Sheets(Hoja_Activa).Range( "A" & Bucle)
  
La variable "BUCLE"  del CODE: .Range( "A" & Bucle), quiere decir que lees de la celda A1, despues la A2, despues la A3, y asi sucesivamente. La variable "BUCLE" la debes alimentar asi: BUCLE=BUCLE + 1 dentro de un FOR o un DO fuera de la rutina o funcion:    
Código vb:
Ver originalPRIVATE SUB COMMAND_CLICK()
   BUCLE=1
 
   FOR I=1 TO 1000
      LLAMADA_SUBRUTINA (BUCLE)
      BUCLE=BUCLE + 1
   NEXT I
END SUB
 
SUB LLAMADA_SUBRUTINA (BUCLE AS DOUBLE)
   Dim strFolder As String
   Dim varFileList As Variant,  myResults As Variant
   Dim FSO As Object, myFile As Object
   Dim l As Long
 
   strFolder = Workbooks(Libro_Origen).Sheets(Hoja_Activa).Range( "A" & Bucle)
   varFileList = fcnGetFileList(strFolder)
 
   IF IsArray(varFileList) THEN
'      ...
'      ...
'      ...
      Application.ScreenUpdating = True
      fcnDumpToWorksheet myResults
   END IF
 
END SUB
  
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