Primero, en el script deberias hacer un ini_set("max_time_execution",0); (o algo así era! )
Segundo, podrías ejecutarlo "manual", por comando...
Sería algo así
Código PHP:
system("nohup php script.php &");
Eso, si permite ejecutarse mediante cli... sino, podría servirte algo así como:
Código PHP:
system("nohup wget http://midominio.com/script.php");
Algo así debería funcionar (más o menos xD)
Eso sí, siempre y cuando sea linux.
Quizás algo de esto te ayude!