Probá instalar ffmpeg por svn, y ya te busco que había visto un tutorial creo que hay que compilarlo con soporte para php o algo asi te confirmo en un momento.
Si necesitas ayuda mandame un mensaje privado y te explico por msn, me he cansado de renegar con ffmpeg pero lo he dejado andando en mi VPS pero en mi caso es para conversión de videos desde consola.
Acá está una de las guías que encontré para instalar todo, si no tenés información importante en el VPS te recomiendo que hagas todo desde cero, incluído instalar php, mysql, etc. para evitar que algo te cause conflictos.
Saludos!