Hola, es cierto lo que dice maycolalvarez. No puedes ejecutar PHP en Javascript, pero si puedes poner sentencias de javascript en una pagina PHP y obviamente se ejecuten al cargarse la página.
Y creo que eso es lo que quieres hacer.
Estás líneas te pueden ayudar:
Código PHP:
Ver original//Sleep, pausa o retrasa el codigo php que se está ejecutando
//En este ejemplo, luego de 5 segundos, muestras la sentencia javascript y el navegador la ejecutara.
echo "<script languaje='javascript' type='text/javascript'>window.close();</script>";
Creo que esto no va en este foro.
Saludos.