Es por los permisos de lectura/escritura que no estás pudiendo realizar el proceso de backup. En windows todo bien, pero en linux tenes que decírselo explícitamente que ponga los permisos del archivo de backup a 0775 o 0777 al momento de crear uno nuevo. Usa la función chmod() de php para hacer esto. Si precisas info sobre cómo hacer esto, en este link en español vas a poder ver
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