Debido al gran número de respuestas voy a ir una por una para que nadie se quede sin respuesta. Como dijo Jack El Destripador, vamos por partes.
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Iniciado por igualacero 
hola, empenzando porque no se si esta puede ser la causa de la perdida pero te comento que hay blog en los que al dejar un solo comentario se generan una gran cantidad de enlaces. A mi me ha pasado que durante un tiempo me puede detectar muchos links de un sitio en concreto y al tiempo estos enlaces se pierden por tener un blogroll donde aparecen los ultimos comentarios y al tiempo se sale de ahí.
Si que he dejado un par de comentarios en varios blogs que tienen el típico cuadro de Últimos comentarios y como ese cuadro está presente en todas las páginas pues lógicamente los enlaces se expanden. Eso cesará cuando alguien publique más comentarios y me quite de esa clasificación. Eso no me importa la verdad.
No obstante, la mayoría de los comentarios los he dejado en blogs normales que lo que cuenta es el link que hayas puesto en el comentario y eso debería aparecer.
He estado utilizando la herramienta de Yahoo Site Explorer y publica casi todos los enlaces que he ido haciendo estos días, sin embargo, Google Webmasters sigue nada más publicándome un enlace.
También me he dado cuenta de que han desaparecido la mayoría de enlaces internos del site.
Hay que decir que estos días he estado cambiando el dominio de un hosting a otro y en ocasiones la página ha estado obsoleta o con errores de código.
Pero eso ha sido después de que me diesen estos errores que os comento.
He buscado en google por la palabra "agapornis" que es por la que me quiero posicionar y resulta que ya no salgo en las posiciones que salía antes. Lo raro es que si buscas por esa palabra aparece antes un resultado de una página interna que de la página principal. No me lo explico.
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Iniciado por nainona yo he notado que en estas ultimas 2 semanas el mismo efecto, en webs (y cuentas) distintas, llegando a desaparecer 1/3 de los enlaces en algun caso. Normalmente suelen reaparecer con el tiempo, si es que siguen estando ahi de verdad. Si va acompañado de bajada de posiciones/métricas, entonces ya es para hacerselo mirar en serio.
Ni idea de si es casualidad,que tocaba update de datacenter o de backup, fallo o simplemente un cambio (esperemos que no), habrá que esperar a ver, pero casi siempre es cosa de grugel
A mi no es que me haya desaparecido 1/3 de los enlaces. Me han desaparecido todos menos 1. No obstante, siguen estando donde los puse.
Como he comentado más arriba me han bajado las posiciones pero esto ha sido secundario así que es probable que sea por el cambio de host.
Voy a esperar una semana a ver como reacciona esto pero si sigue igual me temo que Google la ha tomado conmigo. Está claro que es cosa de Google ya que en Yahoo me sale todo correcto y en otras webs que he analizado los enlaces que apuntan a mi sitio.
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Iniciado por mariasa A mi en una web el la que hace tiempo que no consigo enlaces nuevos me han desaparecido todos. Webmster tools nunca muestra todos los enlaces. todos sabemos que tene mos más enlaces de los que nos muestra la herramienta. Parece como si nos mostratra solo los últimos rastreados.
Yo no es que la hubiese dejado abandonada, sino todo lo contrario. Estaba construyendo bastantes enlaces en el momento que desaparecieron todos del Google Webmasters Tool. Está claro que GWT nunca muestra todos los enlaces, pero es que nada más me muestra uno.
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Iniciado por tecnika a mi tambien me acaba de pasar, tenia unos 300 o mas y me han quedado tres,
lo gracioso es que tenia de Elpais, Facebook y otras paginas importantes y ya no me aparecen.
Algunos son de comentarios en blogs otros de directorios, han desaparecido todos,
habra que esperar a ver que pasa,
posiciones no he perdido, al contrario he subido mas.
A mi me ha pasado entonces lo mismo pero con pérdida de posiciones en la página principal. Las otras se mantienen más o menos en el mismo sitio.
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Iniciado por Tedel En general, ni Google ni Yahoo! te reportan absolutamente todos los enlaces que tienes; así que no te preocupes tanto.
De todos modos, otras cosas que pueden estar pasando son que las webs que te daban enlaces te los hayan quitado (es usual) y que los buscadores hayan sacado a esas webs totalmente de sus índices (algo que según leí, Google ha hecho hace muy poco con un dominio completo, .cc).
No solo de enlaces viven los buscadores. Ocúpate de tener buenos contenidos también.
Espero ayude.
He comprobado así un poco de modo general y los enlaces siguen estando donde estaban ya que Yahoo Site Explorer los reconoce y los indexa. No he puesto ningún link en páginas de .cc, estaba enterado de la noticia y por eso no los puse.
Saludos y espero que no os aburráis con la respuesta,
Alejandro García