Hola:
Hace tiempo trabajé con el API RxTx para comunicarme con un equipo a través del puerto serie.
La puedes encontrar aki:
http://rxtx.qbang.org/wiki/index.php/Main_Page
En esa misma página están las instrucciones para instalarla y hay ejemplos de uso.
Una rápida búsqueda en google de "rxtx" te puede dar más recursos y ejemplos.
saludos;
Nup_