ventanaSecundaria recibe una variable tipo texto, por lo que debes de escapar indez2.html
 
ventanaSecundaria(\"index2.html\") 
para que en el código ya compilado tengas esto: 
<a href='javascript
: ventanaSecundaria("index2.html")'>aquí</a>  
y en tu funcion recibes una variable de JS no de PHP    
Código Javascript
:
Ver originalfunction ventanaSecundaria (URL)
       { 
        window.open(URL,"EJEMPLO - Inicio","width=1024,height=800,scrollbars=YES, directories=yes, menubar =yes,status=yes,toolbar=yes,location=yes,scrollbars=yes,fullscreen=yes") ;
        
        //window.close();content='300000000'
        }
  
Saludos