Actualización de datos en Base Mysql

[rcutone]

Buenas, paso a explicarles lo q necesito hacer.
Tengo un sistema realizado en Visual 2010 con Mysql, parte del mismo ya está funcionando, por ende hay datos cargados en las BD.
Debo actualizar el sistema y a su vez las tablas del Mysql,
COMO HAGO PARA PODER ACTUALIZAR LAS TABLAS SIN PERDER LOS DATOS YA CARGADOS?
SIN TENER Q HACERLO TABLA POR TABLA.
Muchas gracias