Prueba aplicndole trim() y intval a cada valor...
Código PHP:
$n1=intval(trim($file2[0]));
Si no no se que puede ser.
Recuerda que a max() puedes pasarle tambien un solo argumento siempre y cuando sea un array. Teniendo en cuenta esto otra "posible" solucion seria:
Código PHP:
$file="base.txt";
$file2=file($file);
$lineas=count($file2);
$array = array_map("trim", $file2);
$array = array_map("intval", $array );
echo max($array);
ejjejej, no se si anda, es "al vuelo"!
Un saludo.