Cita:
Iniciado por patterncatcher 
Es mejor poner en subcarpetas, asi beneficias del autoridad de la páginas en las subcarpetas. Un subdominio se trata como un dominio seperado desde el punto de vista de google.
Mejor:
tupagina.com/subcarpeta
Gracias, y en cuanto a que trate de diferentes temas, google no se molestara? Puede ser en carpetas tratandose de diferentes temas?