Volver a comenzar la web? Eso no tiene sentido, la web la vas a adaptando, pero porque un tamaño no te cuadre no tienes que empezar de 0.
Realmente no entiendo a qué te refieres, me da la sensación de que tú tienes un problema completo y has generalizado a que los manuales son todos una basura. Me parece demasiado generalizar por un problema concreto.
Y otra cosa, no para todo hay fórmulas, pero hay una muy clara que está en todos los manuales y es que el tamaño del box final es la suma del border, padding y width (o height si es vertical) y te lo ponen hasta con un dibujo simple.
Aquí tienes dos páginas que lo ponen:
http://www.estrellateyarde.org/disco...html-cajas-div http://www.yourhtmlsource.com/styles...ssspacing.html
Esa imagen con los tamaños la he visto en mil sitios y si es eso en lo que tienes problemas, no puedes decir que no esté en manuales.
Un saludo.