No funciona porque estas ejecutando una funcion PHP desde un javascript
    
Código Javascript
:
Ver original<a href='javascript: ventanaSecundaria(/'index2.html/')'>aquí</a>
  
Pero ventanaSecundaria debería ser una funcion en javascript para que el código anterior funcione, en tu caso ventanaSecundaria es una funcion en PHP    
Código PHP:
Ver originalfunction ventanaSecundaria($URL) 
       {  
          
        echo window.open($URL,"EJEMPLO - Inicio","width=1024,height=800,scrollbars=YES, directories=yes, menubar =yes,status=yes,toolbar=yes,location=yes,scrollbars=yes,fullscreen=yes"); 
        //window.close();content='300000000' 
         
        }
  
los correcto es, hacer esta funcion en javascript. Valga la redundancia    
Código Javascript
:
Ver originalfunction ventanaSecundaria(url){
 
          window.open(URL,nombre_de_la_ventana,forma_de_la_ventana) 
}