mm ¿"depositar tus variables en un PDF"?
Mas bien lo que se suele hacer es que con PHP y esas librerias generas integramente tu página PDF.
De todas formas hay una tema sobre PDF:
Forms Data Format functions
http://www.php.net/manual/en/ref.fdf.php
No sé si será a eso a lo que te refieres .. o a tener tu PDF generado ya con otra aplicación y usar algún estilo de "template" en la que uses en ese archivo PDF tus {variables} que las "parseará" PHP para darles el valor de tu programación ... No he investigado tanto estas funciones .. pero igual tienen alguna que lo haga.
Y sinó .. tal vez el formato FDF lo haga .. aunque mas bien se refiere a meter un formulario en un archivo PDF para que se interactue con el . (como lo haces ya sobre una página web en HTML común ..)
Un saludo,