Si lo tienes muy bien planteado, te falta un empujón final, ahí va:
En los inputs has puesto muy inteligentemente name="concepto[]" y name="var[]". Con esto, PHP interpreta que hay varios inputs dentro del formulario que tienen el mismo name y lo que hace es crear un array con ese name que contenga todos los posibles valores de los inputs que salgan, sean 1 o 1000. Para ver esto, en Variacion_BD.php haz var_dump($_POST['concepto']) o var_dump($_POST['var']) y verás que realmente son arrays.
Luego, en $concept y en $variac tienes dos arrays, no tienes más que recorrerlos:
Código PHP:
$query = "INSERT INTO nmvariac (var_cantid,var_codcon,var_codtra) values";
for ($i = 0; $i < sizeof($concept); $i++) {
$query .= " ('$variac[$i]','$concept[$i]','$ced_tra')";
if ($i != sizeof($concept) - 1) {
$query .= ",";
}
}
El if es simplemente para que añada , en todas las filas, menos en la última, que ya sobra la , De todas formas, imprime la query (echo $query;) para verla, que lo hice rápido y no estoy muy seguro de que esté bien formateada.
Espero que te sirva, un saludo.