Pones un if más o menos así:
Código PHP:
$query = "INSERT INTO nmvariac (var_cantid,var_codcon,var_codtra) values";
for ($i = 0; $i < sizeof($concept); $i++) {
if ((isset($variac[$i])) && (!empty($variac[$i])))
$query .= " ('$variac[$i]','$concept[$i]','$ced_tra')";
if ($i != sizeof($concept) - 1) {
$query .= ",";
}
}
}
Es decir, si el input está en el array y, además, no es vacío, añade al query, si no, nada.
Fácil, sencillo y para toda la familia. Un saludo.