¿Con que estás interpretando el INI?
Recuerda que un archivo de texto almacena solo texto, aunque el valor sea numérico es texto.
Así mismo con los booleanos, solo existen en abstracto, así que no puedes parsear un valor "boolean" y esperar que éste sea un boolean en php, simplemente no tiene sentido.
Es por eso que dicho valor se interpreta false => 0, true => 1, una simple comparación no estricta lo dice todo:
Código PHP:
if (true == "1") // ... OK