Duda sobre Dual

[fixagel]

Buenas pensaba poner un dual win / debian y tengo un poquillo de experiencia con ubuntu y particiones mas no con debian pero en esta ocacion tengo planeando montar los SO en distintos HD mi duda es la siguiente

Estuve montando y removiendo discos duros y el disco sata (windows) se volvio SLAVE (imagino que fue por que lo desmonte pero no le toque nada ni siquiera se si tiene jumpers) pero el IDLE lo deje en master ya que si no no me detecta el lector de dvd

Mi intencion es dejar el Sata con Win y el IDLE meterle debian pero no se si eso que mencione antes afecte en algo y en dado caso como volverlo MASTER al Sata (y afecta en algo dejar los jumpers del idle en master tambien? por que como dije no me detecta el lector...)

Y que tengo que tener en consideracion al momento de instalarlos para no dañar el MBR de windows

Ah como nota final el disco IDLE (suponiendo que instale linux) lo removeria bastante seguido no se si eso afecte en algo y no sea recomendable hacerlo

Gracias de antemano