Problemas con la hora en Myql

[Jibril]

Buenas. Tengo un problema. Estoy trabajando con WAMP Server y tengo my base de datos en mysql. Trabajo con php 5. El problema es que mediante un formulario registro los datos del préstamo de un aula, en un combo ofrezco las diferentes horas en las que puede pedir prestado el aula o salón. Sin embargo, no puedo utilizar hora militar para diferenciar entre manana y tarde, por lo que si pongo las opciones en formato 12 horas, cuando hago las comparaciones de que hora inicio del préstamo no puede ser mayor a hora fin no me funcionan , porque por ejemplo si empieza a las 9 am y termina a la 1 pm como 9 es mayor que 1 no me deja hacer el préstamo.
Cómo hago para que Mysql trabaje el formato 12 horas o que por lo menos al introducirlo formato hh:mm am/pm me permita convertir esa hora a formato 24 h para que sea almacenado y que lo vuelva a convertir en formato 12 horas al traerlo de vuelta al momento de un buscar préstamo, por ejemplo.

Ayuda Por favor!!!!!!!!!!