Buenas, creo que tu problema es la creación de los inputs, haces bien usando como name un array, pero creo que no es necesario asignarle el índice, sino que con poner name="nombre[]" el mismo PHP te asigna los índices.
Además, en estas dos líneas vas a tener un problema:
Código PHP:
<td><input type='radio' name='seleccion[$i]' value='modifica".$row[0]."'></td><!-- Esta lÃ*nea es para saber si se modifica -->
<td><input type='radio' name='seleccion[$i]' value='elimina".$row[0]."'></td><!-- Esta lÃ*nea es para saber si se elimina -->
Porque los dos intentarían irse a selección del mismo índice. Intenta cambiar el name, por ejemplo: modificaciones[] y borrados[] y luego hacer un tratamiento por separado.
A simple vista es lo que encuentro, si no te valen las indicaciones, intenta hacer más prints, para aclararte tú mismo qué es lo que se envía en el POST, porque con tantos bucles, la verdad no queda nada claro.
Un saludo.