Es simple.. sube el archivo.sql a trav´es de FTP a tu directorio.
Luego, desde el ssh, tienes que hacer lo siguiente :
mysql -ut
suario -p tu_base_de_datos < /path/a/tu/archivo.sql
De esa manera cargaras el archivo.sql a una base de datos con nombre "tu_base_de_datos"... un ejemplo seria :
mysql -uwebstudio -p zonaphp_db < /home/www/zonaphp/dump.sql
saludos.