Para poder crear los subdominios con WHMCS necesitas tener acceso root desde el WHM, por ejemplo, por lo que necesitas un VPS o un dedicado.
Por otra parte, para crear la "la plantilla correspondiente al plan adquirido", la única manera que se me ocurre es mediante unos hooks (
http://docs.whmcs.com/Hooks) y quizás crear unos campos "Custom Field" dentro de la configuracion del producto en WHMCS, para pasar parámetros al hook php creado.
un saludo!