Conexones Multiples a una base de datos MySQL

[gnzsoloyo]

La pregunta es difícil de responder, porque puede tener muchísimas razones, y no todas las razones pueden tener que ver con la base de datos en sí, e incluso ni siquiera con el servidor de base de datos.
Por lo pronto, piensa que no es lo mismo que una web esté en el mismo servidor que la base a que use una base que está en otro servidor. En ese caso tienes como mínimo un doble enlace: Uno entre el usuario y la web y otro entre la web y la base de datos. Así no puedes pretender tener la misma performace que si ambas cosas estiviesen en el mimo servidor.
Por otro lado, tendrías que ver si las consultas son exactamente iguales y además si la lentitud se produce en el servidor de MySQL o en la transferencia de los datos.
En definitiva, si quieres saber dónde está tu problema tendrás que plantearte una serie de pruebas que abarquen todos los aspectos (hardware, software, permisos, prestaciones del hosting, sistema, etc.) e ir testeando ambas webs con los mismos parámetros. Sólo así podrás establecer dónde está el cuello de botella.