buenas,
¿seguro que el problema es javascript? bien el código es javascript pero quien esta lanzando el error es php. no obstante, no comprendo que hace ese script dentro de php. si no estas generando un script dinámico, entonces lo mejor es que saques los códigos javascript fuera de php. si la intención es imprimir un script bajo ciertas condiciones en php, quizas te venga mejor entrar y salir de php. el punto es que al estar fuera del ámbito de php, la sintaxis de javascript no te conflije con la de php, o más bien minimizas las confrontaciones entre las sintaxis. de lo contrario, tendría que estar escapando caracteres.
Código PHP:
# ejemplo con una condicional. se puede usar otros tipos de estructuras;
<?php if(condition){ ?>
contenido a imprirmir
<?php } ?>