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Iniciado por caricatos 
Hola:
Empecemos hablando con propiedad... solo hay 3 tipos de ventanas modales estándar: alert, confirm y prompt... y por definición las modales detienen el flujo de datos esperando respuestas de usuario. Seguramente estás tratando de ventanas que simulan el comportamiento de las ventanas modales como las lightbox, greybox, etc...
Como respuesta a la capa de fondo; simplemente debería tener determinados estilos: position absolute; top, left, width, height específicos y el grado de opacidad que te parezca conveniente (0.1, 0.5...)
Saludos
gracias por tu respuesta... me quedan claros los 3 tipos de ventanas modales, ya que investigué un poco al respecto, y si, estoy tratando de simular el comportamiento en una, mas no se como implementar eso de lightbox y eso... si me pudieras ayudar con un ejemplo te lo agradecería demasiado !