Si la instalación no arranca o te marca errores es por que el programa que estás utilizando no creó del todo bien los archivos en la USB. Intenta con otro programa, yo utilizo WinSetupFromUSB y me ha funcionado bien, checa
este enlace, viene el tutorial para usar el programa y el link para descargarlo. Y además la instalación no debe pedirte más y más archivos, todos los archivos necesarios deben estar en la USB, un avez arrancando la instalación, el proceso es el mismo que al instalar desde CD.