Código Javascript
:
Ver original- include("dbcon.php"); 
-     $per_page = 2; 
-     $start = $_GET["pag"]; 
-     //$cat = $_POST["cat"]; 
-       
-     if(!isset($pag)){ 
-         $query = mysql_query("SELECT * FROM productos ORDER BY id LIMIT 0,$per_page"); 
-         
-         while($rows = mysql_fetch_array($query)){ 
-             echo "<a href='phpThumb.php?src=img/productos/".$rows['foto']."&w=6000&h=600'><li data-medidas='".$rows['medidas']."' data-categoria='".$rows['categoria']."' class='Product' id='".$rows['id']."'><img src='phpThumb.php?src=img/productos/".$rows['foto']."&w=170&h=182' /></li></a>";    
-         } 
-       
-     }else{ 
-         $query2 = mysql_query("SELECT * FROM productos ORDER BY id LIMIT $start,$per_page"); 
-         while($rows = mysql_fetch_array($query2)){ 
-             echo "<a href='phpThumb.php?src=img/productos/".$rows['foto']."&w=6000&h=600'><li data-medidas='".$rows['medidas']."' data-categoria='".$rows['categoria']."' class='Product' id='".$rows['id']."'><img src='phpThumb.php?src=img/productos/".$rows['foto']."&w=170&h=182' /></li></a>";    
-         } 
-         
-     } 
Ahi lo que veo es que preguntas si la variable $pag fue seteada... pero en realidad tu quieres preguntar si el parametro get $pag viene con algo... y usas una variable $start para guardar el valor del parametro $pag. 
1.- Tienes que preguntar si isset($_GET["pag"]) sino $start = $_GET["pag"]; te tiene que tirar un error en caso de que no envies el parametro get.
2.- Te has confundido al usar $pag... cuando en realidad lo que quieres usar es $_GET["pag"] o en su defecto $start.
3.- El codigo se puede reducir si haces:   
Código Javascript
:
Ver original- $start=0; 
- if(isset($_GET["pag"])) 
- $start=$_GET["pag"]; 
y luego todo lo que pones en el if donde usas $start (y fuera del if que yo hice).
Eso deberia funcionar.
4.- Ademas usas dos query... $query y $query2 pero que en realidad deberian ser la misma variable... cuidado.